Stasiun Surabaya Gubeng (kode: SGU, +5 m) adalah stasiun kereta api kelas besar yang terletak di Jalan Gubeng Masjid, Gubeng, Gubeng, Surabaya, Jawa Timur; berada di bawah naungan Daerah Operasi VIII Surabaya. Stasiun ini merupakan stasiun kereta api terbesar di Surabaya dan Jawa Timur serta merupakan tempat keberangkatan KA utama dari Kota Surabaya, khususnya yang melalui jalur selatan, sedangkan KA yang melewati jalur utara, seperti KA jurusan Jakarta via Semarang, diberangkatkan dari Stasiun Surabaya Pasarturi.
Stasiun Surabaya Gubeng pertama kali dibangun di sisi barat rel KA. Pada pertengahan dekade 1990-an, bangunan baru Stasiun Surabaya Gubeng dibangun di sisi timur rel KA dengan arsitektur lebih modern dan lebih luas.
Stasiun Lempuyangan (Setasiun Lempuyangan), (kode: LPN, +114 m dpl) adalah stasiun kereta api yang terletak di Kota Yogyakarta, Daerah Istimewa Yogyakarta, berjarak sekitar 1 km di sebelah timur dari stasiun utama di kota ini, yaitu Stasiun Tugu. Reservasi dibuka 24 jam nonstop karena menggunakan sistem tiket online.
Stasiun yang didirikan pada tanggal 2 Maret 1872 ini melayani pemberhentian semua KA ekonomi yang melintasi Yogyakarta. Stasiun Lempuyangan beserta dengan rel yang membujur dari barat ke timur berada di Kecamatan Danurejan.
Stasiun Yogyakarta (Setasiun Tugu Ngayogyakarta), (kode: YK, +113 m dpl) — juga dikenal sebagai Stasiun Tugu — terletak di Kota Yogyakarta, Daerah Istimewa Yogyakarta, dan berada di bawah naungan PT Kereta Api (Persero) Daerah Operasi 6. Stasiun ini beserta rel KA yang membujur dari barat ke timur berada di Kecamatan Gedongtengen. Stasiun ini melayani pemberangkatan dan kedatangan kereta api (KA) kelas eksekutif dan bisnis. Pemberangkatan dan kedatangan KA kelas ekonomi dilayani di Stasiun Lempuyangan. Stasiun Tugu Yogyakarta adalah stasiun kereta api terbesar di Daerah Istimewa Yogyakarta.
Stasiun Jember adalah stasiun kereta api besar yang terletak di Jl. Wijaya Kusuma 5, Jemberlor, Patrang, Jember, Jawa Timur. Stasiun ini merupakan stasiun terbesar yang berada dalam pengelolaan PT Kereta Api Daerah Operasi IX Jember.